寺院依山而建，殿堂僧舍错落。历史上一直是玉树北部地区萨迦派主寺，结古寺的嘛尼石堆闻名于世界，第一世嘉那活佛晚年时定居于镇东新寨村，并在此修建嘛尼堆。