昌珠寺建于松赞干布时期。传说文成公主用五行算法算出妖魔罗刹女的一臂在贡布日山的西南方向，需建一寺镇压，方能保证国运昌盛，而那儿是一大湖，湖中有一五头怪龙在兴风作浪，于是松赞干布即在贡布日修法，终成正果，遂令大惊鸟降伏了怪龙，湖水也随之干涸，昌珠寺亦即在此建成。