慈云寺周边的山区云雾缭绕，雾气蒙蒙，时常围绕在庙宇周围。 西元一九一九年，阿里山开发初期，日人有感于此地如印度“灵鹫山”圣地，因而建造“阿里山寺”。并由曹洞宗管长（日置默仙师）送来由暹罗国王（今泰国）亲曾的释迦牟尼古佛像一尊供奉，佛像外以铜铸，内装金沙，至今已有千年之久。民国三十四年，改名为慈云寺。