我们在海事博物馆并没有停留，向圣保罗教堂出发，圣保罗教堂位于马六甲河口的升旗山上，升旗山算是马六甲市区的最高点。在山顶可以望到半个马六甲城区，圣保罗教堂建于1521年，为葡萄牙人所建。著名传教士圣方济各埋葬于此，教堂前竖有圣芳济各神父塑像。1670年荷兰人占领马六甲后，将教堂用作城堡，今天在外墙上仍可见到不少子弹孔。1753年，荷兰人另建了一座教堂，而圣保罗教堂则做为荷兰贵族的墓地，现在仍保留了一些刻有拉丁文和葡萄牙文的墓碑。