开元寺为中国国内著名消灾延寿药师佛信仰道场，该信仰从唐代传承至今，寺内灵源阁一楼设有药师殿。内供消灾延寿药师佛，为开元寺主供佛。药师佛的功能就是保消灾平安，佑健康延寿。

同时开元寺还有古代传承下来的稀有药签。现有版本为清咸丰年间版本。民国期间，开元寺宝松和尚创建了当时中国国内最大规模的佛教医院即福建佛教医院。该院礼请海军名将萨镇冰为院长，宝松和尚为常务副院长。该佛教医院1956年被国有化，即今于开元寺山门外旁的福州市中医院。

福州开元寺现创办有“福建省福州市开元释提润中医肿瘤诊所”。以佛教中草药秘技救死扶伤，传承弘扬宝松和尚、提润和尚之遗风。