该馆位于JR京都站西行1公里处，可从京都站徒步前往。水族馆为3层建筑，面积约1万1千平方米。水族馆的概念主题为“与水相连、生命”，展示体现了起源于京都的河流最后奔腾入海的自然生物脉络。水族馆由京之河、怪兽、企鹅、大水槽、海豚体育馆等9个区域构成。此外，该水族馆的另一个加分点是地理位置富有京都风情，可看到东寺五重塔。