吕祖殿是吕洞宾修炼成仙的地方，吕祖，即吕洞宾，唐末五代道士，传说修道于终南山，元明以来称为八仙之一，道家正阳派号为纯阳祖师，俗称吕祖。吕洞宾在八仙当中，较为人们熟识，主要源于那句典故"狗咬吕洞宾，不识好人心"

蓬莱阁吕祖殿位于宾日楼南，坐北朝南布局，由重门、正殿和东西两底组成，皆为庙宇式建筑。清光绪三年(1877)知府贾湖、总兵王正起倡建。正殿为三开间硬山结构，北壁与宾日楼联体，长9．04米，进深8．05米。殿内设高台神龛，中祀吕岩(吕洞宾)坐像。很一般。

蓬莱阁吕祖殿位于宾日楼南，坐北朝南布局，由重门、正殿和东西两底组成，皆为庙宇式建筑。清光绪三年(1877)知府贾湖、总兵王正起倡建。正殿为三开间硬山结构，北壁与宾日楼联体，长9．04米，进深8．05米。殿内设高台神龛，中祀吕岩(吕洞宾)坐像，左右侍立药童和柳树精。吕洞宾在中国民间信仰中占有重要地位。宋代封吕洞宾为“妙通真人”，元代封为“纯阳演政警化孚佑帝君”，后世又称“吕纯阳”。