行宫始建于明代，原为明代万寿寺下院，于乾隆年间建成行宫。据清光绪十一年（1885年）重修紫竹院碑记载：“古刹紫竹院者，万寿寺之下院也。”乾隆皇帝位孝敬其母后钮钴禄氏，在庙中供奉观音大士像一尊，并仿江南苏州城外的水乡修建“芦花渡”，并把原广源闸河港南山坡上的明代庙宇修葺一新赐名“紫竹禅院”，并在西侧修建一座行宫，作为他陪同母后去万寿寺和游逛苏州街的驻跸之所。