天主教艺术博物馆与墓室位于大三巴牌坊后的圣保禄大教堂遗址内，馆内的展品是多间教堂和修院收藏的天主教艺术精品，包括诠释圣方济各事迹的四幅油画，以及耶稣受难像、圣像雕塑、礼拜器物等。馆中的油画《圣弥额尔大天神》非常有名，圣保禄大教堂1835年毁于一场大火，这幅油画是圣保禄学院留存至今的油画艺术品。墓室中央为一座花岗岩墓穴的遗址，墓室两侧墙壁上的纳骨龛内安放著日本和越南殉教者的骸骨。