大成殿的东侧设闵子、冉子（雍）、端木子、仲子、卜子、有子；西侧设冉子（耕）、宰子、冉子（求）、言子、颛孙子、朱子。木牌位的尺寸有规定，高一尺四寸，广三寸五分，厚五分。赤地金书。小座高二寸五分，大座高一尺，东西各连，六龛合座。十二哲是配祀的第二等，因一共十二人，所以称为十二哲。最初时期，十二哲其实是十哲，始于唐开元八年（720年）。唐贞观二十一年（647年），太宗命以左丘明、公羊高、何休等二十二位先儒从祀，但孔子弟子除颜回、曾参外，都只是画像与庙堂，并不享受祭祀。开元八年，国子司业李元瓘认为孔子弟子闵损等不预享祀，而何休等二十二位先儒反而从祀并不妥，建议以圣门四科弟子世人祔祭，朝廷同意以四科弟子从祀，因此称为十哲。后，清康熙五十一年（1712年）升朱熹位居十哲之次，成十一哲，乾隆三年（1738年）升有若位朱熹之上，成十二哲之名。