萨尔茨堡在德语中的意思是“盐堡”，这个名字因附近的盐矿和城堡而得名，萨尔茨堡主教垄断盐的销售用来敛财。739年萨尔茨堡成为主教的驻地，后来应法兰克国王查理大帝的请求，教宗利奥三世将萨尔茨堡升格为总主教的驻地，管辖几乎整个老巴伐利亚地区。由于总主教康拉德二世在没有经得神圣罗马帝国皇帝腓特烈一世同意的情况下就于1164年掌管了萨尔茨堡，腓特烈一世在1166年派兵，萨尔茨堡被腓特烈一世亲信的军队在1167年4月4日的夜晚严重摧毁。其后的由腓特烈一世的侄子出任萨尔茨堡总主教，但在1174年由腓特烈一世授意雷根斯堡议会又将其免职，由新人出任对立总主教，但他并没有获得教宗的认可。

总主教埃贝哈德二世坚定支持霍亨斯陶芬王朝的者，他在萨尔茨堡的历史上起着至关重要的作用，他在1200年至1246年间将封建贵族的统治权、司法权和城市的管理权集合一身，总主教成为萨尔茨堡的最高统治者，而他由于出色的执政成绩被誉为“萨尔茨堡之父”。

1328年在总主教的授权下，萨尔茨堡逐渐成为神圣罗马帝国内的一个独立王国。1348年至1349年间遭遇黑死病侵袭，萨尔茨堡损失了约三分之一的人口。1481年神圣罗马帝国皇帝腓特烈三世认可萨尔茨堡享有城市议会和市长的自由选举权。1511年总主教莱昂哈德采取强制手段，逮捕萨尔茨堡的市长和议会议员，强迫他们放弃所有城市特权。受德国农民战争影响，1525年至1526年，萨尔茨堡也爆发了持续3个月之久的农民和煤矿工人起义，起义农民围攻萨尔茨堡要塞，要求减轻负担、废除农奴制和恢复他们的基本权利。

17世纪初，总主教迪特里希认为萨尔茨堡是一座理想的和具有代表性的城市，因此对其大兴土木，现在的萨尔茨堡老城的外貌风格就是从当时留下的。他命令重建了萨尔茨堡主教座堂，它在此前的1598年第8次被烧毁，他还修建了米拉贝尔宫。为了同巴伐利亚争夺着盐和关税。