位于重光门两侧的东西厅房是孔府仿照封建王朝的六部而设的六厅，即：

管勾厅——掌管地租银粮；

百户厅——掌管奴户；

典籍厅——掌管礼仪典章和御赐书籍；

司乐厅——掌管乐学、乐舞生、乐器及舞具；

知印厅——掌握印信和签押公文；

掌书厅——掌管文书、档案。

各厅长官，由正七品到正六品官员充任。

过重光门，院中有一片台基，台基之上便是宽敞的正厅，即孔府大堂。这里是当年衍圣公宣读圣旨、接见官员、申饬（音赤）家法族规、审理重大案件，以及节日、寿辰举行仪式的地方。大堂五间，进深三间，灰瓦歇山顶，上面是飞檐鸱吻，檐下用一斗二升交麻叶斗拱，暗斗栱旁伸出26个彩绘云朵，堂内梁柱皆绘彩云，衬托此厅如同浮于云端，显示其威严煊赫。

绕过大堂里的暖阁，从其后面的背门进入穿厅，穿厅与二堂相连。大堂、穿厅、二堂构成一体，呈“工”字形。穿堂里有一条古拙的大红漆凳，被称为“阁老凳”。相传嘉靖四十一年，明代权臣严嵩被弹劾罢官，将要治罪时，曾到孔府来托衍圣公为其向皇帝求情（六十四代衍圣公孔尚贤的夫人是严嵩的孙女），这时的严嵩只好屈尊坐在这张长凳上等候，因此凳系严嵩坐候之物，故人们便称它为“阁老凳”了。

二堂位于大堂之后，也叫后厅，五间七檩，三明两暗。是当年衍圣公接见四品以上官员和受皇帝委托代朝廷考试礼、乐童生的厅堂。二堂两头的梢间，东为启事厅，西为伴官厅。启事官为正四品，负责内禀外传；伴官为正七品，共设六员，是衍圣公入朝觐见皇帝是所带的随从。启事厅和伴官厅则是启事官和伴官的办公地点。

二堂之后，有一典雅庄重的庭院，就是三堂庭院。两棵冲天挺拔的苍桧并列两旁，六个石雕盆内各置一块奇形怪状的太湖石。

正中通道上，安放着一块高约丈余的大型太湖石，玲珑剔透，周围用青石栏杆围绕，形成三堂与二堂之间的影壁。

内宅第一进院落的正厅，即前上房。前上房七檩七间悬山式，画栋出廊，彩绘华丽，是孔府主人接待至亲和近支族人的客厅，也是举行家宴和婚丧仪式的主要场所。

房内宽敞明亮，正中高悬“宏开慈宇”匾额。匾额下摆着乾隆帝赐给的荆根床、椅，桌上有同治皇帝颁给孔府的圣旨及各种文物古玩。

穿过前上房，过一低矮小门，便进入了前堂楼院。清光绪十二年重建。是一座楼房的三合院。

前堂楼是七间七檩悬山式二层楼，飞檐起脊，楼顶覆灰瓦、鸱吻，八根黑漆明柱到顶，梁枋绘彩花卉，楼上下全部紫红格窗，楼上紫红栏杆，上刻云朵、宝瓶，两层之间正面有大型紫红色的横板，上雕云纹，下层室内及廊下皆绘羚鹤、灵芝，生动优美。

室内陈设布置，仍保持着当年的原貌。

孔府花园位于孔府中轴线内宅后院、府内的最北部。花园由家学或后堂楼均可进入。花园东西有花树、竹丛，南有一株古树“五柏抱槐”，据说已有400年的历史了。它一株五干，柏树夹抱国槐，槐穿柏身而生，展现出奇特的风姿，又称“五君子柏”。孔庆镕曾赋诗赞曰：“五干同枝叶，凌凌可耐冬。声疑喧虎豹，形欲化虬龙。曲径阴遮暑，高槐翠减浓。天然军姿质，合傲贷岩松”。