州政府大厦波士顿实行实权市长制度，市长被授予广泛的行政权力，每四年选举一次。市议会每2年选举一次，有9个席位按照每个选区进行多数投票，另有4个席位进行普选，每个投票者直接对普选候选人进行投票。每个候选人只能投票一次。得票最高的4名候选人当选。议长由议员们选举产生。学校委员会由市长指定。

波士顿现任市长为Martin J. Walsh[3] ，2014年1月6日当选为波士顿第54任市长。Martin J. Walsh 拥有波士顿学院（BOSTON COLLEGE） 的政治学学位。

在2016年1月4日的波士顿市议会投票中，出生并成长于芝加哥的30岁华裔吴弭(Michelle Wu)成功当选为波士顿市历史上首位亚裔议长，同时也是首位担任此要职的有色人种女性[4] 。吴弭(Michelle Wu)拥有哈佛大学（HAVARD UNIVERSITY） 的学历。

作为马萨诸塞州首府，波士顿在马萨诸塞州政治生活中扮演重要角色。波士顿还是美国联邦政府在新英格兰的中心，建有约翰·肯尼迪联邦办公大楼和托马斯·奥尼尔联邦大厦。该市还设有美国第一巡回上诉法院、马萨诸塞地区法院，以及波士顿联邦储备银行（联储第一区）总部。该市属于美国众议院马萨诸塞州第8选区和第9选区。

在20世纪末、21世纪初，波士顿的低犯罪率要归功于波士顿警察局与社区、教会的合作，以阻止青少年加入犯罪团伙。因而被誉为“波士顿奇迹”。该市的谋杀案从1990年的152起（谋杀率为十万分之26.5）下降到了1999年的31起（谋杀率为十万分之5.26，其中没有一起是青少年犯罪）。此后几年中，谋杀案件以50%的幅度上下波动：2002年为60起，2003年为39起，2004年为64起，2005年为75起。尽管数字还远不及1990年那样高，但是谋杀率的再度提高已经使许多波士顿人深感不安，开始讨论波士顿警察局是否应该要调整其与犯罪作战的方法。