美国军方在圣迭戈市设有多处军事基地，以美国海军、美国海军陆战队、和美国海岸警卫队为主。目前有两艘航空母舰，即尼米兹号(CVN-68)和里根号(CVN-76)，数艘核潜艇，和一些其他军舰以圣迭戈为母港。海军陆战队在此设有全美仅存两处之一的新兵训练中心。有人称圣迭戈为美国海军飞行的诞生处，虽然佛罗里达州彭萨科拉（Pensacola）也自称为此。

数艘美国海军的军舰为了纪念这个城市而以圣迭戈为名，最新的圣迭戈号两栖船坞运输舰（USS San Diego LPD-22）为一艘圣安东尼奥级的两栖船坞舰，于2007年下水服役。